徐燕时说自己这些年没有放弃,一直为导师做点事,他的专长是卫星导航系统应用,所以我们在开篇才看到徐燕时跟自己的老师在一起做实验。作为异于人类的变种生物,师父斯普林特和忍者神龟组成的“龟鼠家庭”一直在下水道过着隐姓埋名的生活。然而四小只却一直向往着外面的世界。当他们得知神秘反派超级苍蝇为非作歹、祸乱城市时,战胜邪恶、主持正义,进而被人类社会接纳的想法油然而生。当他们历尽艰辛,终于追踪到超级苍蝇时,却发现他及其手下同样也是变种生物。不过,遇到同类的喜悦很快被超级苍蝇想要毁灭人类世界的阴谋冲散。面对来势汹汹意欲统治地球的变种大军,四小神龟勇敢迎敌,一场翻天覆地的正邪较量即将上演!