一方面,斯普林特为孩子们准备食物和玩具,给他们洗澡,陪他们睡觉,其乐融融。同时,他也是最严厉的师父,为了让长相异于人类的神龟们能够保护自己,他向他们传授功夫,在魔鬼训练下,四只神龟成为拥有超强武功的忍者,下水道英雄拯救世界的冒险即将开启。另一方面,柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时,柯南接到来自冲矢昂(赤井秀一)的电话,被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相,柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中,进入设施内部。之后,在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内,发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架,而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里……